これは当然と言えば当然ですが、私に身近にこれが理解できていない人がいるので念のために書いておきます。
欠品していると注文が来ないのはさすがにわかると思いますが、店全体の購入率(楽天では転換率)の低下の原因にもなります。というのも、在庫数が0になっているだけだと商品ページを見れるからです。そして、大手販売サイトはビッグデータを作るために多くのデータを蓄積しますから、アクセス数や人数もカウントします。これは欠品商品も例外ではありません。
つまり、販売数0なのにアクセス数ばかりが増えるわけです。そして、
購入人数÷アクセス人数=購入率
と計算されますから、欠品が多いほど購入率も下がるのです。